Innenfilter werden direkt im Aquarium, meist mit Saughaltern, angebracht. Der Vorteil von Innenfiltern besteht darin, dass das Wasser im Aquarium verbleibt. Die Gefahr von auslaufendem Wasser ist somit wesentlich geringer als bei Verwendung eines Außenfilters. Innenfilter können mit biologischen, mechanischen und adsportiven Filtermedien betrieben werden. Oft werden sogenannte Filterpatronen eingesetzt, die aus Schaumstoff bestehen. Diese Schaumstoffpatronen filtern das Wasser sowohl mechanisch, als auch biologisch.